La isla estaba poblada por los gomeros o gomeritas, indÃgenas de la isla. De ellos se conservan varias tradiciones, pero la más famosa es el lenguaje de los silbos (o silbo gomero), una forma de comunicación para superar las limitaciones de la accidentada orografÃa.
Al comenzar la conquista, la isla se encontraba dividida en 4 cantones: Mulagua, Hipalan, Orone y Agana, identificándose estos territorios con los grandes valles de Hermigua, San Sebastián, Valle Gran Rey y Vallehermoso, respectivamente.
Se dice que La Gomera nunca fue conquistada y que a lo largo de los años cuando los nuevos pobladores europeos fueron estableciéndose en la isla, los aborÃgenes reconocieron su autoridad.
Los gomeros fue un pueblo "inconformista" y "rebelde" que se levantaba cada vez que se cometÃa una tropelÃa o una injusticia hacia su pueblo. Esta isla al igual que El Hierro, Lanzarote y Fuerteventura estaban bajo un señorÃo, que duró hasta principios del siglo XIX, a diferencia del realengo en el que estaban las islas de La Palma, Tenerife y Gran Canaria. El señorÃo de la Gomera está relacionado con la familia Peraza y se caracterizó por su crueldad y por su tiranÃa.
Fernán Peraza "el Viejo" se establece en La Gomera. Debido a la muerte de su hijo Guillén Peraza en una incursión en La Palma, le sucede Diego de Herrera, marido de Inés Peraza. Y a su muerte, el señorÃo fue repartido entre parte de sus hijos. La Gomera y el Hierro correspondieron a Fernán Peraza "el Joven". Se inicia ahora un periodo de significativa violencia, tanto por la gran represión contra el pueblo indÃgena como las venganzas hacia otros conquistadores.
La muerte de Juan Rejón a manos de Fernán Peraza por viejas rencillas hace que sea llamado a la Corte de los Reyes Católicos. Finalmente se salva de cualquier juicio, pero es obligado a casarse con Beatriz de Bobadilla. Debido a una revuelta de los gomeros, se refugian en La Torre del Conde y piden ayuda a Pedro de Vera que con gran crueldad asesina a gran número de rebeldes y se lleva para Gran Canaria a más de doscientos gomeros como esclavos.
Posteriormente Fernán Peraza se enamora de Iballa, una indÃgena gomera, y en uno de sus encuentros amorosos es asesinado por Hupalupo, padre de Iballa, y por Hautacuperche. Después de su muerte el pueblo se levantó de nuevo en contra del señorÃo. Pedro de Vera acudió otra vez en ayuda de Beatriz de Bobadilla y huyeron los gomeros a las cumbres. Pedro de Vera, mediante la astucia, quiso vengarse, y publicó un bando en el que el cualquier gomero que no acudiera a las honras fúnebres de Fernán Peraza, serÃa acusado de cómplice y traidor, asimismo indultarÃa a aquellos que acudieran. Los que acudieron al funeral en la Villa serÃan inmediatamente hechos presos, asà como también fueron apresados algunos que permanecieron en las cumbres. Se ordena la condena a muerte de todos los indÃgenas mayores de 15 años, si bien esta medida no se llevó a la práctica en su totalidad. No satisfecho con los asesinatos, a su llegada a Gran Canaria, ordenó ajusticiar a todos los gomeros que se encontraban en aquella isla y exportando como esclavos a gran parte de niños y mujeres, hacia la penÃnsula o hacia las otras islas. Posteriormente muchos de los que fueron deportados como esclavos regresarÃan a la isla de la Gomera.
Unos años más tarde La Gomera entra en los libros de historia como la última tierra pisada por Cristóbal Colón antes de llegar a América, en su primer viaje. El lugar donde se alojó es ahora un museo.